自1972年起从事青少年教育与研究至今。1993年7月，他采写的报告文学中日少年《夏令营中的较量》震撼全国，引发一场各界参与的大讨论，受到党和国家领导人的高度重视。中央电视台12集专题片《改革开放20年》，介绍《夏令营中的较量》，并称此文推动了中国教育由应试教育向素质教育转变。

1995年以来，他先后主持了中国城市独生子女人格发展与教育、中国城市独生子女教育模式、杰出青年的童年与教育、向孩子学习、21世纪教育四大支柱的理论与实践、当代中国少年儿童发展状况调查等多项课题研究。

目前，他正在主持国家级课题--少年儿童行为习惯与人格关系的研究。他出版的个人专著20余部，较有代表性的教育著作有《习惯决定孩子命运——孙云晓儿童教育12讲》、《好的关系胜过许多教育——我的教育自述》、《教育的秘诀是真爱--孙云晓教育建议》、《培养一个真正的人》等。作品曾获中国图书奖、全国“五个一”优秀图书奖、全国优秀儿童文学作品奖、全国优秀畅销书奖。